Las actividades principales de las que se encarga el Consejo (extracto del artículo 10 de la Ley 12/1990) pueden concretarse en:

• Elaboración de Planes y Actuaciones Hidrológicas.
• Control de la ejecución del planeamiento hidrológico.
• Otorgamiento de concesiones autorizaciones y demás actos relativos a las aguas.
• Custodia del Registro y Catálogo de Aguas insulares y realización de las inscripciones, cancelaciones o rectificaciones oportunas.
• Gestión y control del dominio público hidráulico, así como de los servicios públicos regulados en la Ley.
• Policía de aguas y cauces.
• Ejecución y control de los programas de calidad de las aguas.
• Realización de obras hidráulicas
• Participación en la preparación de los planes de ordenación territorial, económicos y demás que puedan estar relacionados con las aguas de la Isla.
• Realización de estudios de hidrología.
• Prestación de servicios técnicos y asesoramiento relacionados con el cumplimiento de sus fines.
• Gestión de Infraestructuras Hidráulicas